位于阿克苏拜城县克孜尔乡境内，西距阿克苏拜城县城60Km，东南距阿克苏库车县城70Km，距克孜尔乡东南7Km处，交通便利。地理坐标：东经82°30′05″，北纬41°46′49″，海拔1200m.克孜尔石窟在渭干河北岸明屋塔格山南坡悬崖上。石窟开凿于公元三世纪的东汉后期，并延续到公元九世纪的唐、宋时期。是中国开凿年代最早的佛教石窟。石窟规模宏大，整个石窟群排列在东西长2Km的明屋塔格山和苏格特峡谷内的崖壁上。沿崖体走势依次划分为谷西区、谷内区、谷东区和后山区4个石窟区，现已正式编号的石窟236个。
克孜尔石窟现遗存约10000平方米的壁画和部分彩绘塑像等珍贵文物，壁画内容丰富多彩。这些精美的壁画，西融了印度、键陀罗佛教艺术风格及波斯艺术风格；向东启迪着敦煌及中原汉地佛教艺术的发展，曾为灿烂的古代西域文明和佛教文化艺术的逐渐传播做出过巨大的贡献，克孜尔石窟堪称东西方艺术合壁之最。
1961年被国务院列为第一批全国重点文物保护单位。政府也设立了文物保护机构；1985年新疆维吾尔自治区文化厅又在这里设立了龟兹石窟研究所，对石窟进行全面加固、维修、保护、资料整理、壁画临摹及学术研究工作，并取得了初步成果。
目前克孜尔石窟的谷西区、谷东区维修后已正式向游人开放，每年都有大批中外游客前来观光，年接待游客2万余人。克孜尔石窟保护区内，现存活有三株古桑树，树高约6m，直径约1.2m，树龄约1400年，目前桑树枝繁叶茂。桑树的存在代表着当时丝绸业的发展，对研究丝路文化具有较高的研究价值。
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