大三巴天主教艺术博物馆位于大三巴牌坊后。于一九九五年修建成博物馆,以供游客在内欣赏历史画像,和细观已消失的天主之母教堂之余,还可以参观一座墓堂,在墓中曾埋下一些日本及越南的殉教者。此外，游客还可以参观一个天主教艺术博物馆，馆内搜集了本澳各教堂和修道院具代表性的画作，雕塑和礼仪饰物。
耶稣会会士于1565年开始在澳门定居，随即以宣扬基督精神为宗旨，有利于东西方文化的交汇与共存，在推动教育事业以及传教工作上有密切的关系。自1602年起，学院设有一座新圣堂，因为之前几座教堂均毁于火灾。圣堂是一座具有三个殿堂的宏伟大教堂，其外貌就如后来考古学者在该处进行一系列重修及兴建博物馆工程之图画所记载的一样。在建筑上，圣堂由中国和日本的工匠参与兴建，为教堂竖立一个各种文化的典范特征，为耶稣会所颂扬。数世纪以来，圣堂内丰富的内容使参观者留下深刻的印象。
1762年，耶稣会士被逐，并交由市政厅处理。后来在这里设置军营，历时数十载。1835年，在兵营厨房突然起火，波及其余的附属建筑物，摧毁了教堂，并差点摧毁了整座名胜建筑。1990年至1995年，在昔日圣堂的地点进行修工程，并兴建成博物馆。
澳门最为人所熟悉的标记------“大三巴”，经过1990年至1995年建成博物馆后，以新面目迎接游客。，游客在内欣赏图画和细观已消失的天主之母教堂之余，还可以参观一座墓堂，在墓中一些日本及越南的殉教者得以安息。此外，游客还可以参观一个天主教艺术博物馆，馆内搜集了本澳各教堂和修院具代表性的画作，雕塑和礼仪饰物。
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