1938年夏天，三元宫惨遭日寇残酷轰炸后，寺僧们联络山民共20余人奋起自卫，多次成功地伏击了搜山的日寇。1939年农历七月十四日早晨，日寇集中300余人，兵分四路围剿三元宫及所属寺庙，戳死仁芳法师，绑走德选等四位法师和六位山民，除放走一位山民外，其余全部活埋。几天后，日寇又两次前来搜山，把三元宫及所属的玉皇宫、九龙庙、屏竹社等13处庙宇全部放火焚烧，使这座海内知名的庞大庙宇群化为一片瓦砾。
为了纪念云台山的抗日僧众，教育后代勿忘国耻，连云港人民政府在三元宫附近兴建了义僧亭，亭中碑石上镌有彭云撰文、周庚如书写的《云台山僧众抗日纪念碑记》。
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